Fue creada en el año 1975 por Pedro Nel Gómez con el respaldo de su familia, como una manera de cumplir el anhelo de Giuliana Scalaberni, esposa del artista, de convertir su casa de habitación familiar y taller en un museo para la ciudad de Medellín.
Construida en la colina de Aranjuez, la casa rememora para Giuliana Scalaberni el paisaje florentino de su infancia y juventud. Fue esta la razón para que el sitio fuera elegido por ella como lugar de residencia familiar.
Durante los primeros nueve años, es el mismo artista quien orienta los destinos del Museo, siempre con la clara intención de legarle a cada uno de sus descendientes la dirección de la entidad. Máximo, uno de los hijos menores, es quien acompaña la labor institucional de su padre, hasta el año de su muerte en 1984, año de inicio de la dirección por parte de Clío Gómez Scalaberni, hija del pintor, quien asumiera el cargo hasta el año 2000, periodo éste, de consolidación institucional por medio de acciones como la realización y sistematización del primer inventario, incluida su clasificación, identificación y mecanismos de salvaguarda del legado, además de una fuerte campaña de divulgación y la consecuente participación de la Casa Museo en el circuito de museos del país. El periodo administrativo 2000 – 2006 al señor Vladimir Gómez Scalaberni, durante el cual se gestionaron procesos de atención a la planta física del museo, especialmente, la restauración de la Casa Patrimonial, un importante componente del legado.
