Otro encargo hecho por la Alcaldía de Medellín a la Casa Museo fue el manejo y orientación del Museo de Ciudad, ubicado en el Cerro Nutibara de Medellín, cuyo énfasis son los temas urbanos y de ciudad en general. Con la puesta en marcha de un proyecto cultural y museológico dirigido a públicos de la ciudad y turistas nacionales y extranjeros, se materializa esta nueva propuesta cultural para la ciudad
El Museo de Ciudad está ubicado en lo alto del Cerro Nutibara, y tiene como objetivo divulgar y promover la historia del desarrollo urbanístico, y otros temas urbanos, mediante un programa de exposiciones temporales con variados recursos, entre artísticos, fotográficos, arquitectónicos y otros, que reflejen los sentidos de la ciudad en sus distintas etapas y procesos.
De exhibición permanente, el Museo presenta a los visitantes el Instrumento de Pensamiento Urbano, un modelo a escala de la ciudad, que ofrece un completo panorama de su extensión y conformación. Algunos de los temas de exposiciones temporales, se articulan con los propósitos de esta pieza.
Museo de Ciudad fue creado en el año 2011, y está dirigido por la Fundación Casa Museo Pedro Nel Gómez.
